Про далеке минуле села добре розповісти речові пам’ятки, які часто знаходять люди на його околицях. Тут можна знайти кам’яні сокири, наконечники списів, стріли та уламки посуду, що датуються приблизно 4-2 тисячоліттям до нашої ери. Крім того, місцеві жителі часто знаходять на території села монети часів Римської імперії.

 

Перепільчинці названі на честь Максима Перепільчинського (Пшепьорковського), якому Ян Замойський подарував ці землі (територія сучасного урочища Церковний Яр). Ян Замойський називав цих шляхтичів «шаргородськими зем’янами», і хоч Максим Перепільчинський не був поляком, але мав шляхетський титул і пан краю дав йому польське прізвище — Пшепьорковський. Родина Максима Перепільчинського господарювала в селі до кінця XVIII ст.

 

Наприкінці XVI століття в районі Церковного Яру з дозволу прем’єр-міністра Польщі Яна Замойського, якому тоді належали ці землі, оселилася родина Максима Перепільчинських. Це перша згадка про село в історії. Вже в ХVІ ст. Село Перепільчинці (колись – Пшепьорчинці) входило до Карчмарівської волості, подарунку польського короля Яна Замойського. Поступово поселення розвивалося, люди розселялися окремими групами в глибині лісу. Назва кутка села Одая (у перекладі з молдавської – хутор) залишилася незмінною. На схід від нинішнього села є великий старий цвинтар, а біля нього територія самого Церковного Яру, на захід і південь від села є могильники пізнішого часу, такі як у нас Видно, що с. колонія розросла в південно-західному напрямку, явно цьому сприяє те, що грунт тут більш родючий.

 

У червні 1648 року Шаргород та навколишні села були звільнені від польських панів військами Богдана Хмельницького. Проте Перепільчинці, як і все Правобережна Україна, після Переяславської ради тривалий час перебувала під владою Речі Посполитої. У ХVІІ ст. село належало польським магнатам Конецпольським, потім Любомирським, у кінці ХVІІІ ст. – Сосновським, але представники родини Максима Перепільчинського господарювали в селі до кінця XVIII ст.
Після окупації Російською імперією в 1797 році село належало до Копайгородської волості Могильовського повіту.

У І половині ХІХ ст. село перебуває у розпалі повстання під керівництвом У. Кармалюка. За відомими переказами, повстанці деякий час переховувалися в Лозоватому Яру (на південному сході від села), селяни брали активну участь у цьому повстанні.
(1830-1831 рр.) родина Сосновських брала участь у Листопадовому повстанні і через це втратила село та землю. Згодом Перепільчинці передали Петру Березовському. У підвалі нинішнього приміщення школи (колишньої резиденції) польською мовою написано «Петро і Юлія Березовські 1856» – мабуть, тоді почалось будівництво цих приміщень. З кінця ХІХ століття і до розпаду Російської імперії село належало доньці Петра Березовського, графині Софії Бенкендорф.

На фронтах Першої світової війни (1914-1918) загинуло 46 жителів села.

 

Радянська влада мала примусовий характер і базувалася на народних гаслах: «Мир – людям», «Земля – хліборобам», «Фабрика – робітникам», вразили бідноту і безземельне населення села. У 1923 році був створений комітет незаможних селян (комнезам). У 1926 році селяни об’єдналися в товариство по обробітку землі – ТСОЗ. Того ж року гурток колгоспників організував колгосп «Червона нива». У 1928 році в селі створено колгосп «Червоний колос». У 1929-1930 роках в селі відбулися масові виступи селян проти примусової колективізації, понад 40 чоловік, які брали участь у цих виступах, були виселені з села. У 1932 році було створено колгосп «Перше травня». Місцеві жителі самі стали організаторами встановлення радянської влади у своїх селах. Акт геноциду, організований радянськими лідерами в 1932-1933 роках з метою придушення українського національно-визвольного руху шляхом штучного створення масового голоду. Понад 400 жителів села втратили життя через план радянської влади щодо конфіскації їхніх продуктів харчування та зерна.

Перепільчинецька війна почалася в липні 1941 року, коли село захопили румунські війська. Понад 300 жителів села воювали у Другій світовій війні, 160 з них загинули в боях проти Третього Рейху та його союзників. Село визволено від окупації 19 березня 1944 року. Багато з тих, хто воював, були нагороджені орденами та медалями. Так, полковник Д. К. Гуменюк отримав ордени Леніна, Червоного Прапора і Суворова II ст. У 1968 році в центрі села споруджено пам’ятник на честь односельців, полеглих у Другій світовій війні.

 

Після війни село було зруйновано, а поля занедбані. Земля оброблялася кіньми та великою рогатою худобою. Великий голод в Україні (1946-1947 рр.) не оминув села: багато людей померло, більше того, значна частина населення померла від туберкульозу.

 

1965 р. на вимогу колгоспників в селі створено колгосп «Маяк». За короткий час село було з’єднано з районним центром дорогою з твердим покриттям, у 1968 році збудовано приміщення торговельного магазину, дитячого садка, проведено електрифікацію. У 1975 році розпочато будівництво лазні, фельдшерсько-акушерського пункту, їдальні, спортивного залу та шкільної майстерні, заасфальтовано центральну дорогу. В 1988 році волевиявленням трудівників колгоспу створено колгосп «Перемога».

 

Станом на 2017 р. населення становить 932 особи.